Thanh Lâm dưới thời nhà Nguyễn thuộc xã Đại Thanh Quân thuộc châu Thường Xuân (gồm vùng 6 Thanh hiện nay). Đến năm 1950 xã Đại Thanh Quân từ Thường Xuân sáp nhập vào Như Xuân theo Quyết định số 55-TTg ngày 10/10/1950 của Thủ tướng Chính phủ. Đến năm 1964 Bộ trưởng bộ Nội vụ ra Quyết định số 232-NV ngày 04/9/1964 về chia tách một số xã của huyện Như Xuân trong đó có chia tách Thanh Quân thành 03 xã là Thanh Quân, Thanh Phong và Thanh Lâm. Đến ngày 14 tháng 12 năm 1984 Hội đồng bộ trưởng ra Quyết định 163-HĐBT về việc phân vạch địa giới một số xã và Thị trấn thuộc tỉnh Thanh Hóa, trong đó chia xã Thanh Lâm thành hai xã là xã Thanh Xuân và xã Thanh Lâm ngày nay.